Čeprav sta izopropanol in etanol izopropanol sestavljena iz ogljika, vodika in kisika, se njuni molekularni strukturi razlikujeta. Izopropanol ima molekulsko formulo CH3CH2CH2OH, zaradi česar je nasičena tri-ogljikova organska spojina, medtem ko ima etanol izopropanol molekulsko formulo (CH3)2CHOH, zaradi česar je organska spojina, ki vsebuje en kiralni ogljikov atom.
Vrelišče se razlikuje: izopropanol vre pri 97,2 stopinjah, medtem ko etanol izopropanol vre pri 82,4 stopinjah. Pri sobni temperaturi je izopropanol brezbarvna, prozorna tekočina, medtem ko je etanol bledo rumena tekočina.
Topnost je različna: zaradi različnih molekulskih struktur sta izopropanol in etanol različno topna. Izopropanol ima topnost 10,6 % (po prostornini) v vodi, medtem ko ima etanol izopropanol večjo topnost, ki doseže 50 % (po prostornini).
Kislost/ravnovesje: Tako izopropanol kot etanol sta alkohola z zmerno kislostjo in sta sposobna bazi{0}}kataliziranih reakcij.
